Органами управления НОЧУ ДПО АУЦ "ПОМОР-АВИА" являются:
Учредитель – высший орган управления.
Директор - единоличный исполнительный орган, осуществляющий текущее руководство и управление.
Общее собрание (конференция) работников и обучающихся - коллегиальный орган управления, осуществляющий управление по вопросам организационной и трудовой политики, представляет полномочия трудового коллектива и коллектива обучающихся.
Педагогический совет - коллегиальный орган управления, осуществляющий руководство педагогической деятельностью, рассмотрением и решением основных вопросов учебно-воспитательной работы.
Руководитель НОЧУ ДПО АУЦ "ПОМОР-АВИА": Директор: Шулепов Евгений Владимирович